제5조(보조사업비의 불인정기준) 다음 각 호에 해당되는 경우에는 보조사업비 지출액으로 인정하지 않는다. 다만, 중앙관서의 장이 불가피하다고 인정하는 경우에는 그러하지 아니하다.  

1. 보조사업비 계좌에서 계좌이체(지로를 포함한다.) 또는 보조사업비 카드(신용카드 또는 체크카드를 구분하지 아니한다) 사용이 이루어지지 않은 경우. 다만, 교통, 통신시설 미비 등으로 계좌이체, 카드사용이 곤란한 경우에는 그러하지 아니하다. 

2. 보조사업비카드 이외의 카드를 사용한 경우. 다만, 보조사업비카드 발급받기 전 사용한 법인카드 및 개인카드 사용은 일시적으로 허용한다. 

3. 보조금 지출거래시 전자세금계산서를 사용하지 않은 경우. 다만, 교통, 통신시설 미비 등으로 계좌이체, 카드사용이 곤란한 경우에는 그러하지 아니하다. 

4. 해당 사업기한 종료 후 집행한 경우. 다만, 해당 사업기한 내에 계약 등 지출원인행위가 이루어진 경우 정상적으로 보조사업비가 집행된 것으로 간주하며, 이 경우 재화의 입고, 용역의 제공, 계약의 이행 등은 사업기한 내에 이루어져야 한다. 

5. 보조사업비의 지출이 해당 보조사업 또는 간접보조사업과 무관한 경우 

6. 증빙서류가 미비하거나 위조된 경우 

7. 보조사업비의 변경 및 이월 등 중앙관서의 장 등의 승인 사항을 준수하지 않고 집행한 경우 

8. 다른 법령이나 협약 또는 규정에서 정한 기관이나 위원회 등으로부터 사전 승인, 동의, 허락 등을 받거나 신고, 등록하여야 하는 사업비를 임의로 집행하거나 허위로 신고, 등록하여 집행한 경우 

9. 해당 사업기한 내에 지출원인행위를 완료하지 아니한 경우(다만, 최종보고서 인쇄비, 검증수수료를 제외한다) 또는 지출원인행위가 완료되지 않고 물품이나 용역을 제공받지 않은 상태에서 보조사업비를 집행한 경우 

10. 보조사업 또는 간접보조사업 폐지의 승인을 받은 이후에 정당한 사유 없이 집행한 경우 

11. 비상근 또는 명예직 임원 및 직원에 대하여 인건비를 집행한 경우 

12. 기타 중앙관서의 장이 정상적인 보조사업비 집행으로 간주하지 않은 경우